創建は飛鳥時代の686年。壬申の乱に敗れた大友皇子の息子、与多王が父の霊を弔うために、田園城邑を寄進して寺を創建し、天武天皇から「園城」という勅額を賜ったことが始まり。天智天皇・天武天皇・持統天皇という3人の天皇の産湯に使われたという霊泉があり「御井の寺」と呼ばれていたのが「三井寺」と呼ばれるように。現在も、金堂の西にある「閼伽井屋」から湧き出ています。
智証大師円珍が天台別院として中興されてからは、東大寺や興福寺、延暦寺とともに本朝四箇大寺の一つとなりました。円珍の没後、延暦寺と激しく対立。焼き討ちや争乱など数々の苦難を乗り越えてきました。
西国三十三所の札所は観音堂。もともと、三井寺の観音堂は長等山の山頂近くにあって、参道が険しく女人禁制でした。文明9（1477年）のある夜、三井寺の僧侶の夢に老人が現れて「山を下り、皆が参詣しやすい地で、衆生を助けたい」と告げたことで、4年後に現在の場所へ移転されたそうです。現在のお堂は１６８９年に再建されたもので、ご本尊は円珍が香木に刻んだと伝わる「如意輪観音坐像」。国の重要文化財に指定され、秘仏で33年に一度開帳されます。
８月７日(土)～９日(月)の３日間、「妖怪ナイト」というイベントが開催されます。今年で４回目を迎えるイベントで、三井寺に伝わる「鉄鼠」をはじめ妖怪たちが境内に出現！ くわしくはＷＥＢサイトをご確認ください。
