平安時代中ごろの1029年、比叡山横川の恵心僧都(源信)に師事していた源算上人が、西山を訪れた際に小さなお堂を建て、自ら刻んだ千手観音を本尊として安置したのが始まりと伝えられています。最初のお堂は「法華院」という名前だったそうですが、1034年に後一条天皇から「良峯寺」の寺号が与えられ、1192年に「善峯寺」と改められたそうです。
創建当初は、源算上人作の千手観世音菩薩像がご本尊として祀られていましたが、1042年に夢のお告げを受けた後朱雀天皇の勅命により、洛東の鷲尾寺から仁弘法師が作った千手観世音菩薩を遷して、ご本尊とされました。本堂である観音堂に祀られ、元々のご本尊だった千手観世音菩薩像も、脇本尊として隣に祀られています。今年から秘仏で33年に一度の御開帳となっています。
ご本尊・千手観世音菩薩のご真言「おん ばざら たらま きりく そわか」